Os registros do movimento comercial mostram a existência de conflito entre a administração civil e a administração militar.
Havia registros militares nas fortalezas de Gurupá e Parintins (ou Vila Nova da Rainha), que originalmente eram postos militares, compostos de praças de 1ª linha.
Alegando a origem desses registros, Joaquim Felipe dos Reis, coronel comandante do governo das armas, pediu que o controle dos passes dos barcos e canoas vindos do sertão do rio Negro fosse feito pelo governo das armas e não pelo governo civil. Argumentou (em ofício de 1º de abril de 1822) que aqueles registradores “não são guardas sedentários, que possam julgar-se um Corpo Político para ser imediatamente sujeito ao Governo Civil a sua criação e destino, tendo que guardar uma Praça, ainda que totalmente arruinada como é Gurupá, mostram bem ser o posto militar, pois que conservam todavia um serviço regular, e cujo comandante com autoridade naqueles distritos tem a seu cargo a disposição da força para terem respeito as incursões dos gentios (…)”.
Ele considerava “um forçado argumento o arresto de se tornar que os navegadores são paisanos porque paisanos são capitães e mestres dos navios que têm que solicitar por este Governo o passe para a Fortaleza da Barra a que tais paisanos e tais canoas ainda que façam a navegação do interior, contudo são eles que transitam também pelas fronteiras e não estão isentos de serem munidos com os passes, que devem estabelecer, visto que até aqui a renúncia dos dois Poderes lhes dava a licença”.
Concordava que os registros deveriam preencher as instruções ou ordens de polícia, “as quais estabelecidas darão o Comandante partes duplicadas da sua execução a ambos os poderes”.
Disse ser sua pretensão “que as canoas ou barcos solicitem o simples despacho do passe para aqueles citados registros militares depois de apresentarem a licença ou passaporte” do governo civil. Disse que “não intenta alterar ou atrair da prática de habilitação os da Secretaria Civil, ficando claro que [do presidente] depende dar tais licenças e julgar sua utilidade”. Ao final, disse esperar que ambos os governos “conservarão a maior harmonia”.
(Códice 785 – Arquivo Público do Pará)